4月7日至9日，國際著名科學期刊《Nature》連續三天在不同的平臺上為曾將新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）與武漢關聯道歉。

事實上，自從SARS-CoV-2出現以來，其起源問題就一直備受爭議。近日，發布在PNAS上的一項新研究報告揭示了病毒的起源與傳播路徑，并指出美國和澳大利亞出現了更多接近原始冠狀病毒的病毒基因組類型。

來自英國劍橋大學和德國的研究人員利用基因網絡技術重建了SARS-CoV-2在人類體內的早期“進化路徑”，發現這個過程中病毒主要存在A、B、C三類突變，其中A類和從蝙蝠、穿山甲身上提取的冠狀病毒最為相似。

https://doi.org/10.1073/pnas.2004999117

2月3日，中國科學院武漢病毒研究所石正麗教授團隊發布在《Nature》的一項研究指出，SARS-CoV-2的基因組與蝙蝠冠狀病毒的基因組存在96%的相似性。基于此，這項研究將蝙蝠冠狀病毒設定為起源。

研究人員使用從全球流感序列數據庫(GISAID)中獲得的早期160個病毒基因組數據繪制了病毒進化網絡，確定了SARS-COV-2三種核心變異：

•A型：最接近蝙蝠冠狀病毒；

•B型：由A型通過同義突變T8782C和非同義突變C28144T派生；

•C型：由B型派生，區別在于非同義突變G26144T 。

具體而言，在數據集中，A型是“疫情的根源”（the root of the outbreak），雖然存在武漢，但卻并不是當地主要的病毒類型，近一半來自于美國和澳大利亞的感染者。B型在武漢及整個東亞都更為常見，只有19個基因組源于東亞以外的國家，并且都進化出了突變，這可能是因為東亞以外的地區存在對該類型病毒的抵抗力。C型主要為歐洲的病毒類型，在法國、意大利、瑞典和英國的早期患者中均有發現，另外，雖然該研究在中國大陸樣本中沒有發現C型變異，但在新加坡、香港和韓國的樣本中卻有出現。

160個SARS-CoV-2基因組的系統進化網絡。

借助SARS-CoV-2基因進化網絡，研究人員也重建了一些國家的感染路徑。比如，病毒最初進入意大利不僅僅是因為1月27日首次記錄在案的源自德國的感染事件，還可能與“新加坡群體感染”事件有關。

據了解，自這項研究進行以來，研究人員已經將其分析擴展至1,001個病毒基因組。盡管尚未經過同行審查，但這項研究報告的第一作者Michael Forster說，最新研究表明，COVID-19的首次感染和傳播是在9月中旬至12月初之間發生的。

截至目前，全球累計確診病例數超過200萬，累計死亡病例近12萬，疫情仍在繼續蔓延。

參考資料：

[1] COVID-19: Genetic network analysis provides 'snapshot' of pandemic origins

[2] Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes

[3] 《Nature》連續三天向中國道歉!

原標題：PNAS：劍橋學者揭示SARS-CoV-2進化網絡，“原始類型”多見于美澳