病毒性腦炎是否會留后遺癥，這也是根據病情的輕重、治療的情況和恢復期的恢復程度來決定的。
病毒性腦炎一般情況下，如果是在急性期、恢復期，恢復不太好的，留下后遺癥會很多，有運動障礙，平常說的上肢斜、拿筷子這種障礙，還有下肢的走路障礙或者進一步的爬高的一些高難度的運動障礙。
會導致智力障礙，所以很多孩子得病毒性腦炎以后，會出現一些認知的、記憶的、邏輯推理的和運算的功能障礙，會出現一些感覺異常的障礙，很多這方面的孩子會出現感知覺的過敏或者感覺遲鈍，包括對一些視覺上的異常，或者是有一些聽力方面異常，都會出現感知覺方面障礙。
再者還有言語障礙，很多孩子會出現一些言語遲鈍、失語、說話不清、吐字不清或者是一些對言語的應用、理解和表達的綜合性障礙。再有會出現一些感知覺的方面障礙，會出現一些聽力、視力、言語、觸覺各方面的障礙。
腦炎是病在大腦，但在身上的不同位置，會導致不同的一些臨床癥狀，所以它的后遺癥相對比較復雜，要根據病情來定。
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