由于短腸綜合征患者的殘余腸管過短，營養物質吸收消化發生障礙，短腸綜合征患者會出現腹瀉、脂肪瀉、體重下降，嚴重者甚至會危及生命。短腸綜合征患者可以采取非手術治療和外科治療。
非手術治療
短腸綜合征的處理可分為早期與后期兩個階段，后期包括代償期與代償后期。
（1）早期的處理：一般持續4周，主要是穩定患者的內穩態與提供營養支持，減少胃腸道的分泌、膽汁的刺激。處理著重在控制腹瀉，防止大量胃腸液的丟失導致內穩態失衡、病人進入周圍循環衰竭。需要補充液體、電解質以維持酸堿平衡和補充微量元素與維生素等，并開始給予腸外營養。
（2）后期的處理：主要是繼續維持內穩態，設法維持病人的營養與促進腸功能代償，改善腸吸收與消化功能。經早期治療后，失代償期過渡到代償期與代償后期，代償期的時間隨殘留腸段的長度與機體代償的能力而異，短者數月，長者可達1—2年。一般以2年為度，超過2年，腸代償功能很少有能進一步改善者。
營養支持是短腸綜合征的最主要、最基本的處理方法，從發現短腸綜合征開始，即需進行腸外營養支持，營養支持不但是為了維持營養，并且有促進腸黏膜增生代償的作用。腸內營養對促進腸黏膜代償的作用優于腸外營養。腸康復治療是為了促進腸功能代償，使更多的病人擺脫腸外營養，由byme等在1995年提出。應在腸代償期的早期應用；年輕病人的效果較好；殘留小腸較長且保留有回盲部者效果較好。
外科治療
經腸康復治療等非手術治療后仍存在嚴重的短腸綜合征或小腸適應性變化長時間無改善時，可考慮外科治療。
（1）減慢腸運輸的手術方式：如小腸腸段倒置術間置反蠕動的腸段，間置結腸術，人工構建括約肌或瓣膜。
（2）增加腸表面面積的手術方式：如小腸縮窄延長術，構建腸圈襻以及縱行切開小腸襻以延長腸段。
（3）小腸移植術：理應是治療短腸綜合征的合理方式，但由于小腸移植具有：排斥率高；感染多而且重；腸功能差而且恢復緩慢，其成功率遠遠不及其他實質器官移植高。其適應于需要永久依賴全腸外營養的患者，且長期全腸外營養的患者多存在肝臟的損傷，所以也有作者提出小腸-肝聯合移植術。（實習編輯：楊薇）
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