舌頭潰瘍的病因及致病機制仍不明確，口腔潰瘍的誘因可能是局部創傷、精神緊張、食物、藥物、激素水平改變及維生素或微量元素缺乏。系統性疾病、遺傳、免疫及微生物在口腔潰瘍的發生、發展中可能起重要作用。
消化系統疾病及功能紊亂
患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病?？谇粷兣c胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、局限性腸炎、肝炎等有關。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況，其中9%以上有消化道潰瘍。
內分泌變化
有些女性患者往往在月經期發生，可能與體內雌激素量下降有關。有些女性每逢經期或行經前后就會出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時緩解，下月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口干、心煩、易怒和大便干結等令人煩惱的癥狀.臨床研究發現，月經期出現口腔潰瘍主要是由于體內黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等）的水平降低所致。
精神因素
有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調有關。
遺傳因素
如父母雙方均患有復發性口腔潰瘍時，其子女約有80—90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。
其他因素
如缺乏微量元素鋅、鐵，缺乏葉酸、維生素B12以及營養不良等，可降低免疫功能，增加復發性口腔潰瘍發病的可能性。病毒可能是口腔潰瘍的始動因子，但目前尚未在患者血清中查出相關抗體，亦未見從口腔潰瘍病損組織中分離出病毒的報道。細菌對口腔潰瘍的作用已提出了多年，與口腔潰瘍關系密切的細菌有血鏈球菌及幽門螺桿菌。體內超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2和6酮前列腺素比例失調及總體水平下降可引發口腔潰瘍。微循環障礙致血流速度慢，血液流量低，毛細血管靜脈端管徑擴張，造成局部缺血、缺氧從而引起黏膜膜損傷，潰瘍形成。血清中缺鋅、缺鐵、高銅等與RAU的發生有一定相關性。有報道稱戒煙亦可誘發口腔潰瘍。牙膏中的成分12-烷硫酸鈉（SLS）可能刺激黏膜，誘發口腔潰瘍。
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