新生兒：胎糞嵌頓綜合征和小左結腸綜合征。這兩個是由鋇灌腸檢查明確，并可自限的短暫性梗阻。還要與其他原因引起的腸梗阻如低位小腸閉鎖、結腸閉鎖、胎便性便秘、新生兒腹膜炎等鑒別。
較大兒童：生理性梗阻，其以直腸壺腹內糞便及糞塊為特點。直腸測壓和指腸活檢可以是診斷性的。兒童應與直腸肛門狹窄、管腔內外腫瘤壓迫引起的繼發性巨結腸，結腸無力（如甲狀腺功能低下患兒引起的便秘）、習慣性便秘以及兒童特發性巨結腸（多在2歲以后突然發病，為內括約肌功能失調，以綜合懷保守治療為主）等相鑒別。并發小腸結腸炎時與病毒、細菌性腸炎或敗血癥腸麻痹鑒別。（實習編輯：宋宇）
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