腦死亡是指以腦干或腦干以上中樞神經系統永久性地喪失功能為參照系而宣布死亡的標準。
而“植物人”腦干功能是正常的，昏迷只是由于大腦皮層受到嚴重損害或處于突然抑制狀態，病人可以有自主呼吸、心跳和腦干反應；而腦死亡則無自主呼吸，是永久、不可逆性的。
植物人的腦干仍具有功能，向其體內輸送營養時，還能消化與吸收，并可利用這些能量維持身體的代謝，包括呼吸、心跳、血壓等。對外界刺激也能產生一些本能的反射，如咳嗽、噴嚏、打哈欠等。但機體已沒有意識、知覺、思維等人類特有的高級神經活動。腦電圖呈雜散的波形。
植物狀態與腦死亡不同，腦死亡指包括腦干在內的全腦死亡。腦死亡者，無自主呼吸，腦電圖呈一條直線。
不同國家和學者對腦死亡的定義持不同看法：許多國家采用全腦死亡的概念，歐洲部分國家采用腦干死亡的概念，如英國有學者認為生命決定于呼吸、循環中樞，所以腦干機能的不可逆轉停止才是腦死亡；北歐各國認為是腦循環的不可逆轉停止引起腦死亡，故稱腦死亡為全腦梗塞。
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